Katedra makro a mikroekonomiky zahájila svoju činnosť na fakulte riadenia a informatiky v roku 1992. V rámci prebiehajúcich transformačných procesov na VŠDS v roku 1991 prešla časť pracovníkov z Katedry ekonomiky železničnej dopravy fakulty Prevádzky a ekonomiky dopravy a spojov na novo vzniknutú Fakultu riadenia. Katedra zmenila svoj názov na katedru ekonomiky dopravy, s cieľom prierezovo zabezpečovať ekonomiku dopravy pre všetky študijné odbory VŠDS. Vedúcim katedry bol ustanovený doc. Ing. Jozef Ströbinger, CSc. Táto myšlienka sa nenaplnila a spolu s rozdelením republiky odišla z katedry aj početná skupina pracovníkov do ČR. Pôvodne mala katedra ekonomiky dopravy dve oddelenia, oddelenie ekonomiky dopravy a oddelenie riadenia, ktoré sa transformovali na dve katedry – Katedru makro a mikroekonomiky a Katedru manažérskych teórii. Vedenie katedry po doc. Ströbingerovi prevzal Ing. Juraj Dubovec. Aktuálne je vedúcou katedry doc. Ing. Mária Ďurišová, PhD.
Spoločenské zmeny po roku 1989 iniciovali komplexnú zmenu ekonomickej doktríny socialistického plánovaného riadenia národného hospodárstva na trhovú ekonomiku. Proces transformácie obsahu výučby ekonomických disciplín bol sprevádzaný nedostatkom literatúry a praktických skúseností s novými ekonomickými nástrojmi. Fakulta riadenia vytvorila študijný program, kde bolo potrebné na kvalitatívne novej úrovni zabezpečovať výuku ekonomických vedných disciplín. Katedra postupne znižovala rozsah výučby a výskumu v oblasti ekonomiky dopravy a posilňovala štandardnú ekonomickú teóriu a podnikovú ekonomiku v rozsahu a obsahu ojedinelú na technických fakultách. V školskom roku 1997/1998 prebehla transformácia fakulty na fakultu riadenia a informatiky, čo spôsobilo priestor pre nové definovanie poslania katedry:
Katedra makro a mikroekonomiky FRI zabezpečuje ekonomické disciplíny v rozsahu umožňujúcom definovanie podmienok a požiadaviek na analýzu a projektovanie informačných systémov a ich účinnú aplikáciu a využívanie v riadení.
Medzi významné osobnosti, ktoré tvorili profil katedry, patria najmä prof. Ing. Ján Mikolaj, DrSc., doc. Ing. Wanda Kochelková, CSc. a prof. Ing. Dušan Marček, CSc., doc. Ing. Alžbeta Kucharčíková, PhD.